脑机智能技术教育部重点实验室于2023年获批。依托南京航空航天大学，属于人工智能与交叉学科领域，由计算机科学与技术、控制科学与工程（双一流）、航空宇航科学与技术（双一流）、软件工程、网络空间安全等一级学科支撑。本实验室主要包含三个研究方向：脑认知计算、机器智能和脑机融合智能。
脑机智能技术实验室分别围绕脑认知计算、机器智能、脑机融合智能等三方面内容，有序开展基础和应用基础研究攻关。具体而言，在脑认知计算方面，将致力于在脑认知机理、脑网络计算、脑疾病诊断分析与挖掘等方面的基础技术与方法研究，以期达到从认知层面借鉴和模拟人脑，以及建立适用于脑疾病早期诊断和大脑认知解码的脑影像智能计算技术。在机器智能方面，将致力于在针对低质数据的特征表示学习、面向动态环境的鲁棒机器学习以及弱监督条件下的模式识别等方面开展理论、方法、技术及应用层面的研究，为脑认知计算和脑机融合智能技术提供技术支撑。在脑机融合智能方面，将致力于在脑信号感知传输、多模态脑信号融合以及脑机控制交互技术等方面的研究，开展脑机融合智能的基础理论和交互技术、脑机融合智能的深度学习框架和脑机控制算法和应用技术。本实验室通过对如上脑机智能相关基础理论和应用基础研究，将带动培育智能医疗健康、脑科学研究、智能脑控装备系统、军事智能、智能制造等领域的升级。