基于OpenCL的RNA二级结构预测算法
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所属单位：计算机科学与技术学院/人工智能学院/软件学院
发表刊物：计算机技术与发展
关键字：RNA二级结构预测;假结;OpenCL;异构计算;
摘要：包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题。为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法。该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可达到0.775,阳性预测率可达到0.822 5。针对基于遗传算法带假结的RNA二级结构预测低效的问题,提出了基于OpenCL的异构并行加速算法。该算法在分析串行算法并行性的基础上,在种群迭代进化阶段进行异构加速,并基于GPU设备和OpenCL编程框架改进算法过程。为验证所提算法的可行性和有效性,基于相同的测试集进行了实验测试。测试结果表明,相对于串行算法,改进后的异构并行加速算法平均可实现2.72倍的速度提升,有效降低了RNA二级结构预测的耗时,提高了算法模拟预测效率。
是否译文：否
发表时间：2017-07-11
合写作者：汪方良
通讯作者：施慧彬